Einmal eingestellt und programmiert, regelt sich der Pelletofen je nach gewünschter Raumtemperatur allein. Die Wärme wird vorrangig mittels eines Warmluftgebläses an den Aufstellraum angegeben. Manche Pelletöfen lassen sich zudem kanalisieren, so dass mindestens ein weiterer Raum mit erwärmt werden kann. Auch sind wassergeführte Pelletöfen erhältlich. Dabei ist der Brennraum wasserumspült. Das erwärme Wasser dient der Heinzungsunterstützung, manchmal kann der Heizkessel sogar durch einen Pelletofen ersetzt werden. Der Pelletstank reicht meist für ein bis wenige Tage, so dass der Pelletofen die Zufuhr der Pellets automatisch steuern kann. Er wird nur so viel Brennstoff zugeführt, wie auch wirklich nur benötigt wird. Die Verbrennung findet daher sehr effizient statt, da auch die Zu- und Abluft zusammen gesteuert werden. Sie sind aufeinander abgestimmt, so dass die Holzpellets ordendlich, sauber und mit wenig Asche verbrannt werden. Die Asche fällt meist in eine Aschelade, die bequem und einfach transportiert und somit ausgeleert werden kann.